哲宗赵煦不满司马光的“以母改子”，不满高太后宠臣对他的冷落，更不满高太后对他的种种压抑，因此非常仇视那些反对新法的人。他想对父亲尽孝，一心一意要恢复神宗时的新法。侍郎苏辙上奏反对，哲宗看完奏章，勃然大怒道：“苏辙敢把先帝比为汉武吗？”说完，就要逐走苏辙。苏辙下殿待罪，众臣不敢相救。
范纯仁从容说道：“汉武帝雄才大略，史家并无贬词。苏辙引比先帝，不为谤。陛下刚刚亲政，对待大臣，也不应当像奴仆一般，任意呵斥。”这时，有一个人奏道：“先帝的法度，都被司马光、苏辙等人损坏殆尽。”范纯仁一看，正是新任尚书左丞邓润甫，抗声说道：“这话说错了。法度本没有弊端，有弊端就必须改。”
哲宗说道：“秦皇、汉武，自古以来就被人一起讥讽讥。”纯仁便接奏道：“苏辙所论，是指时事，并不是指人品。”哲宗颜色少缓，于是不再说话，当即退朝。苏辙之前时曾经依附吕大防，与范纯仁的意见很多不合，到了此时，才对范纯仁谢道：“你是佛地位中人，苏辙仰仗你包涵很久了。”范纯仁道：“公事公言，我知有公，不知有私。”苏辙又道谢而退。次日，哲宗下诏降苏辙官职，出知汝州。
等到进士对策的时候，考官评阅甲乙，上第多主张元祐之法。经杨畏又重新审定，全部移到下等，把赞成熙丰的策议，拔为上等。第一名是毕渐，自此绍述两字，传遍中外。曾布被任命为翰林学士，张商英为右正言。不久，哲宗任命章惇为尚书左仆射，兼门下侍郎。
章惇既然为相，当即贬苏轼为英州知州，又安置于惠州。罢免了翰林学士范祖禹，出知陕州。范纯仁当然不安，上章求去，也被出知颍昌府。
哲宗又召蔡京为户部尚书，王安石女婿蔡卞为国史修撰，林希为中书舍人，黄履为御史中丞。元丰末年，黄履曾任中丞，与蔡确、章惇、邢恕相交不错。章惇与蔡确有所嫌隙，即遣邢恕告诉黄履。黄履尽力解释，不遗余力。因被刘安世劾奏，降级外调。章惇得志，立即引用。
当由曾布上疏，请恢复先帝的政事，下诏改元，表示决心。哲宗准奏，即于元祐九年四月，改称绍圣元年。于是恢复了免役法，免行钱、保甲法，罢除了十科举士法，令进士专习经义，除王氏字说禁令。黄履、张商英、上官均、来之邵等人，乘势弹劾司马光、吕公著等妄改成制，叛道悖理。章惇、蔡卞还请求挖掘司马光、吕公著的墓冢。
这时，大名府知府许将刚好任尚书左丞，哲宗问他有关掘墓之事。许将说道：“掘墓不是什么好事，请陛下三思！”哲宗这才没有同意，但是追夺了司马光、吕公著的赠谥。哲宗又贬吕大防为秘书监，刘挚为光禄卿，苏辙为少府监，并分司南京。章惇又列举了文彦博等人的罪状，共三十人，请求全部贬去岭南。
吕大防字微仲，京兆府蓝田人。吕大防进士及第之后，任冯翊主簿、永寿县令。永寿县没有井，人们要到很远的山谷去汲水。吕大防巡行近境，得到二泉，打算疏导而使之进入永寿县。因地势高低不平，众人怀疑没有成功的道理。吕大防采用《考工》中的水地置泉法来使水平，不到十天，果然疏导为渠。百姓依赖，号称“吕公泉”。
不久，吕大防迁任著作佐郎、知青城县。以前，祭田粟米用大斗收进，用公斗放出，获三倍之利。百姓虽然不满，但不敢上诉。吕大防开始均定放出纳进以平均其值，此事转传给宋仁宗。宋仁宗下诏立定法禁，命一路全输送租给官府，用概器给还。青城县外控汶川，与西夏相接。吕大防占据要地设置巡逻，秘密设防，禁止上山砍柴采摘，以严障碍屏蔽。韩绛镇守蜀州，称吕大防有佐辅帝王创业治国的才能，入朝暂代盐铁判官。
宋英宗即皇帝位后，吕大防改任太常博士。内廷出示吕大防与范纯仁的姓名，任命他为监察御史里行。吕大防首先说道：“纪纲赏罚，不适合天下希望的有五件事：进用大臣但权不归皇帝。大臣疲倦年老但不能按时引退。外国傲慢但不挑选将帅。提出建议的臣子对朝政阙失有所裨益，但执政大臣压制他。疆场左右大臣，有败事却被奖赏，推荐官员却获罪的。”
他又说道：“富弼有脚病请求解除重要的行政职务，十几次上奏章却不被接纳。张吴奎有三年守丧期，又以其子召他回朝，又再次派使臣召他。程戡因年老不能守边辞谢，担心死在边塞上，请求罢免回家，也不答应。陛下想要尽君臣的本分，使病者得以休息，守丧者得以终丧，老者得以尽其余年，那么进退尽礼，何必过分虚饰，使得他们的诚心，不得自达呢？”
同年，京师发大水，吕大防说道：“雨水之患，至于进入宫城房舍，杀人害物，这是因阴阳不和而发生的灾害。”即陈述八件事：皇帝的威严没有树立，臣权太盛，邪议冒犯正义，私恩妨害公正，辽、夏联合谋划，盗贼横行，群情失职，刑罚有失公平。
恰逢执政大臣讨论濮王称考，吕大防说道：“先帝起用陛下为皇子，住在宫中。凭几之命，已发而未尽的言论就在耳边。皇天后土，实在知其所托。假使先帝不死，陛下还是皇子。那么安懿称伯，在义理上没有疑问。难道能够生前作为儿子，死后而背叛吗？大概人君即皇帝位的初始，应有至公大义压服天下，以结交人心。大臣想要加王以非正统称号，使陛下顾恋私恩而违背公义，这不是结交天下人心的办法。”奏章几十次上呈，结果出知休宁县。
熙宁四年，他任延州知州。吕大防开始打算在黄河外荒堆砦筑城，众人认为不可防守。吕大防就留戍兵修建堡垒屏障，有不听从的斩首示众。恰逢环庆兵乱，韩绛被贬官，吕大防也落职知制诰，以太常博士的身份知临江军。几个月后，移知华州。
华山发生崩塌，泥石从山下倾注渭河，被害的人很多。吕大防上奏分条陈述，援引经典质以史实，以验当时之事，说道：“‘畏惧天的威严，于时保之。’这是先王所以兴盛的原因‘;我生不有命在天’，这是后来王者所以败坏的原因。希望仰承天威，俯身斟酌时事的变化，替社稷至为计议。”被任命为龙图阁待制、秦州知州。
宋哲宗即皇帝位，高太后召吕大防为翰林学士、权开封府。有僧人欺骗百姓骗取资财，因而诉讼到朝廷。验证得到实情，命令拘系成立狱案，就在僧人住所施以杖刑，其他怀藏奸心的人都逃走。
吕大防曾奉命相伴辽国的使者，辽国使者狡黠，说话很多涉及到朝廷。吕大防秘密揭发他的隐秘之事，诘问辽国使者说道：“北朝考试进士《至心独运赋》，不知此题出自什么书？”使者仓猝惊诧，不能对答，从此不敢再口出傲慢之词，
元祐元年(，他被授予尚书右丞，进中书侍郎，封汲郡公。西边停止打仗，青唐羌认为中国怯懦，派大将鬼章青宜结进犯边境。吕大防命洮州众将乘机致讨，活捉了鬼章青宜结。元祐三年，吕公著年老致仕。高太后想要把他留在京城开封亲手写信密访至于四五次，越级提拔吕大防为尚书左仆射兼门下侍郎，提举修撰《神宗实录》。
吕大防见宋哲宗年纪日大，每天以进学为急务，请敕令讲读官取宋仁宗御书解释呈上，放在宋哲宗座位右边。又摘录乾兴以来足以作为劝戒的四十一事，分为上下两篇，标题叫《仁祖圣学》，使宋哲宗有欣慕不满足的想法。吕大防因为极力反对新法深得高太后欣赏。高太后一死，他自然失宠。
这时，李清臣说道：“变更先帝法度，虽说不能无罪。这些人大多是累朝元老，如果依从章惇的话，恐怕大过骇然听闻，应当从宽为是！”哲宗点头赞同。原来李清臣本想当宰相，但是章惇被起用，相位被他夺去，心有不甘，所以故意反对章惇。哲宗于是颁诏道：“大臣朋党，司马光以下，各以轻重议罚，余者不问，特此布告天下。”
章惇又举荐吕惠卿，哲宗命他知大名府，章惇不以为然。监察御史常安民上奏道：“北都重镇，吕惠卿不能胜任。试想吕惠卿由王安石举荐，后来他竟然背背叛了王安石。待友如此，事君可知。今已颁诏命，他必来请对，入见陛下。臣估计他将泣述先帝，感动陛下，希望留京。”哲宗也似信非信。
吕惠卿到京，果然请对，果然述先朝之事，作疼哭涕泣之状，哲宗正色不答。吕惠卿只好辞退，出京赴任。章惇听说了此事，暗中怨恨常安民。刚好常安民又弹劾蔡京、张商英，接连上奏。最后竟然斥责章惇专权培植党羽，乞求收回权柄，以抑制奸臣。