章惇暗中派遣亲信对常安民说道：“你本来是以文学而闻名，为什么喜欢谈论别人的长短，甘心结怨？如果能稍自安静，必定以高位相报。”常安民呵斥道：“你是为当道的人来做说客吗？烦你传话，我只知忠君，不知媚相。”章惇没有立刻排挤常安民，本来留有余地，有意笼络。可是常安民一味强硬，章惇自然不能相容。章惇于是让御史董敦逸，弹劾常安民，说他与苏轼兄弟，素来是同伙。常安民便被谪去滁州，令监酒税。
门下侍郎安焘上书救解，毫不见效，反触怒了章惇，被出任郑州。蔡卞重修神宗实录，大力推翻前案。之前的史官范祖禹，以及赵彦若、黄庭坚等，相继被降官，安置在永、澧、黔州。因为吕大防曾经监修神宗实录，也受到牵连，被徙安州居住。范纯仁请求释放吕大防，大忤章惇之意。于是范纯仁也贬知随州。章惇记念蔡确，可惜他已死，便嘱咐蔡确儿子蔡渭喊冤。哲宗即追复了蔡确官职，并赠太师，予谥忠怀。
章惇执政后，首先议论修复水磨。哲宗于是下诏京、索、大源等河为之，以孙迥提举，重新命令兼提举汴河堤岸，改差役制为雇役制，章惇逐步恢复了免役法、保甲法、青苗法等。在章惇主持下，以常平、免役、农田水利、保甲，类著其法，总为一书，定名为《常平、免役敕令》，颁行全国，熙宁新法基本恢复。
章惇又举荐名士彭汝砺、陈瓘、张庭坚等，刘奉世等三十一人，或贬官夺恩，或居住安置，轻重有差。其彬州编管秦观，移送横州。章惇又用邢恕为御史中丞。邢恕用北齐娄太后曾废她的孙子少主，而立儿子常山王高演的事，假托司马光，对范祖禹说道：“如今主少国疑，北齐宣训事仍可忧虑。”
章惇引诱高士充上书，说高士充的父亲高遵裕临死时，屏退左右，对高士充说：宋神宗弥留之际，王珪派高士充来问道：不知皇太后想立谁为帝。我斥责高士充离开。章惇追贬司马光、王珪，赠高遵裕为奉国军留后。再追贬吕公著、司马光，责吕大防、刘挚、梁焘、范祖禹、刘安世等过岭，意犹未慊，仍用黄履疏高士英状，追贬王珪，皆诬以图危上躬。其言浸及宣仁皇后，帝颇惑之。最后起同文狱，将全部诛杀元佑大臣。
章惇让宦官郝随帮助自己，想追废宣仁后。上奏说司马光，刘挚、梁焘、刘大防等，曾勾通崇庆宫内侍陈衍，密谋废立。崇庆宫是高太后所居，陈衍是宫中干役，当时已获罪，发配朱崖。还有一个内侍张士良，从前也是和陈衍一样的职位，他被外调郴州。章惇遣使召回张士良，令蔡京、安惇审问。
蔡京、安惇高坐堂上，旁边放着鼎镬刀锯，非常吓人。接着把张士良带了进来，大声说道：“你肯说一有字，即可官复原职。如果说没有两字，国法刑具都在，请你试一试！”张士良仰天大哭道：“高太后不可污蔑，天地神祇不可欺，我情愿受刑罚，不敢乱说！”蔡京等人再三逼迫，张士良抵死不认。
蔡京与安惇无供可录，只得上奏陈衍离间两宫，斥逐随龙内侍刘瑗等人，翦除人主心腹羽翼，意图谋逆，离应处死！哲宗本来就不喜欢依附高太后的这伙人，于是批准，章惇、蔡卞遵命草诏，呈入御览，议废高太后为庶人。哲宗在灯下展览，迟疑未决。忽然有内侍宣向太后的旨意，传他入见。
向太后是青州知府向经的女儿，向敏中曾孙女，河内人。治平三年，她嫁给颍王赵顼，被封安国夫人。治平四年，英宗驾崩，颍王赵顼即位，她被立为皇后。为立太子之事，神宗一直犹豫不决，向皇后便称赞第六子安郡王赵煦之妃贤达。赵顼于是定建储之议，赵煦成为太子。
元丰八年，神宗驾崩，赵煦即位，尊向皇后为皇太后。高太皇太后命修缮庆寿故宫给她居，向太后推辞道：“安有姑居西而妇处东，渎上下之分。”因此不敢徙居，只是把庆寿后殿为隆佑宫居之。
哲宗要选择皇后及诸王纳妇，向太后令娘家向氏家族不要让女儿参选。族党有人想援引先例，以恩换取合适的职位，又为选人求京官的，说有特旨，向太后说道：“吾族从来没有用此例，何庸以私情挠公法。”一概不肯。向太后对高太后极为尊敬，因此听说哲宗要追废高太后，就叫人去请哲宗。
哲宗去见向太后，向太后道：“我曾日在崇庆宫，伺候过高太皇太后。天日在上，哪有废立的遗言？我本来已经就寝，突然听说了此事，心中不安。试想太皇太后，对你甚厚。如果有不测的变动，他日还有我吗？”说完脸带惨容。哲宗对向太后的话，却并不怎么相信。向太后无奈，只得让哲宗去问他的生母朱太妃。
朱太妃的父亲崔杰，是一个平民。在她年纪很小的时候，父亲就去世了。她母亲李氏改嫁朱士安，将她托付给一位姓任的亲戚抚养，因此她就有了三位父亲。后来，她被选为宫嫔，得到神宗宠幸，先后生下二子一女，就是宋哲宗赵煦、蔡王赵似、徐国公主。宋哲宗即位，因为当时高太皇太后、向太后称尊，她没被尊为皇太后，只被尊为皇太妃。
朱太妃性格温顺恭敬，对人十分温和，从不干预朝政，也不以自己是皇帝生母而自傲。高太皇太后却不怎么欣赏她，还经常训斥她。在对待朱氏的问题上，朝中有人想降低皇帝生母的等级，以讨好垂帘的高太皇太后；有人却主张尊崇朱氏，以显示天子的孝道。但高太后一直压制朱氏，直到元祐三年秋，才允许朱太妃的舆盖、仪卫、服冠可与皇后相同。赵煦亲政后，立即下令母亲的待遇完全与向太后相同。
元丰八年，朱太妃护送神宗的灵柩前往巩县陵区安葬，途中在永安驻留。时任河南知府的韩绛担任过宰相，知道朱太妃的身份，对她十分尊重，亲自从洛阳赶到永安迎接，礼仪侍奉极其周到。朱太妃非常感动，回宫后念念不忘，忍不住向身边人诉说此事。
高太后知道后，居然勃然大怒，当面训斥道：“韩绛是先朝老臣，你如何配受他的礼遇！”朱太妃当场被骂哭，不停地向婆母谢罪。一些善于拍马的大臣顾不得朱太妃的身份，竟立即罗织了几条所谓朱氏的罪名上奏，要求严惩朱氏，以讨好高太后。
高太后的侄子高公绘为姑姑对朱太妃的态度深感不安，而起居舍人邢恕也劝高公绘应多为高家的未来打算。他说道：“太妃是当今皇帝的生母，理所应该受到尊崇。小人挑拨离间的风气，绝不能继续。高太后对太妃的态度，如果被皇帝知道，你们高家以后麻烦就大了。”并将自己写的一份尊崇太妃的奏章拿给高公绘，要他抄一遍，由他出面劝姑姑高太后礼遇太妃。
高公绘照办，高太后阅罢奏折，颇感惊讶，问高公绘道：“你平素不多识字，如何写出这等文章？从实讲来！”高公绘不敢隐瞒，据实以奏。高太后大怒，当即将刑恕贬到湖北随县。但是冷静之后，高太后觉得刑恕和高公绘的话，无论从礼法还是自己的长远利益考虑，都有道理。这才在元祐三年下诏：“《春秋》之义，母以子贵，其寻绎故实，务致优隆。”朱太妃在舆盖、仗卫、冠服的待遇得到提高，和皇后一样。
高太后不喜欢朱氏，令她万万料不到是，正是这个儿媳妇朱太妃，在她身死后的危急时刻，挽救了她和高氏家族的命运。高太后死后，蔡京为了献媚于宋哲宗，诬蔑高太后想立自己儿子为皇帝，有废哲宗的阴谋。哲宗即位时只有十岁，记不起旧事，信以为真，要废掉祖母高氏的皇后之位。于是向太后出面，要朱太妃出面解释。
朱太妃是一个性格善良、心胸宽厚的人，没有因为婆母高太后曾经看不起自己而记恨，她向儿子力辩高太后在此事上无可非议。哲宗听了生母的话，这才相信高太后是冤枉的。当蔡京等人再次请求废黜高氏的时候，哲宗怒斥道：“你们坚持诬陷高太皇太后，是不是一定想陷我于无视祖宗之地，使我死后无面目进英宗之庙？”,蔡京等人被迫放弃了废黜高太后的计划。最终，高氏的皇后地位保住了，高氏家族也有惊无险地躲过了这场灭顶之灾。
由于孟皇后是由高太皇太后指定的人选，而哲宗对高太皇太后却没有什么好感。因此相貌平平的孟皇后，没有得到哲宗的喜爱，哲宗最宠爱的是婕妤刘氏。刘氏是赠太师、东平郡王刘安成之女，刚开始是哲宗的侍女，但是聪明伶俐，姿色美艳，能歌善舞，多才多艺，深得哲宗宠爱。她也孝顺哲宗嫡母向太后和生母朱太妃，甚得欢心。因此很快从平昌郡君晋升到美人，生下皇三女懿康公主后，进封婕妤。