人口越多，却代表着有数不尽的事务要处理，有数不尽的麻烦需要解决。
如今太平道占据并州、凉州、中州三州之地。
中州：应天郡（原京兆尹）、河东郡、弘农郡、左冯翊、右扶风五郡。
原司隶校尉部的疆域被划到了中州，但是河内郡与河南郡掌握在魏庭的手中。
并州原有九郡九十八城邑，现有九郡一百二十三城，因为四州黄巾军进入并州的原因，增长了二十五城。
凉州原有十二郡九十八城邑，现有十三郡一百零一城，新设一郡为武安郡，修筑三城以掌控西部鲜卑旧地，设武安将军一职，领兵三千，以备北虏，同时迁南匈奴旧部数部到武安郡，作为屏障，又迁西部鲜卑数部入并州，与其置换牧场。
中州原有五郡六十七城邑，因为刚刚占领不久，并没有太大的变化。
幽州原来占有两郡十九城，后来扩建了数城，现有两郡二十三城。
现在黄巾军共计有二十九郡，二百八十六城。
每城留下守备兵力五百人，便要驻防十四万三千人。
边界郡县需要屯集大量的郡兵，需要留下的兵力更多，凉州羌氐虽平，但是守备军兵不可不留，粗略一算，仅驻防的部曲便要二十万大军。
二十万大军，仅是发放军饷，就是一大难题。
不过实际上并不需要这么多，毕竟并不是每一城都需要留五百人。
现在黄巾军腹地城邑一般留守的是由军中因伤退役老兵，还有募集的一些青壮组成的地方警察部队，以及鹰狼卫的缇骑来维持治安，在两城或者三城的中心城池驻扎一支部曲，用来应对特殊情况。
被太平道影响时间久远的并州腹地基本没有多少的黄巾军，基本是以不需要发放军饷的屯田兵来处理一些内地的事务，战兵基本都集中在边境地带。
但是凉州和刚刚收复的中州留守的军卒还是比较多。
现在黄巾军之中，经历了制度改革之后，只剩下了三处军区。
太行军区、两郡军区，弘农军区，三大军区，分别定兵额两万人，一万五千人，一万五千人，共计六万人，由于毒、刘石、何曼三人任兵备道。
州牧制和三司制现在并行。
州牧是一州的主官，许安设置的州牧虽然没有汉庭改置州牧后那么大的权力，没有自主征兵等权力，但是也掌管一州行政、军事、监察、司法等各项权力。
不过这些权力都被三司所分去，实际上州牧的权力被削弱了很多。
现在在凉州担任承宣布政使一职的是原来的内务令杨绩，而提刑按察使则是由原本鹿台三家李家的家主李恒，兵备都护使则由曾经于毒的义弟白饶担任。
黄巾军现在军队分为四级。
一级是指直属于许安领导的部队，诸如武卒、锐士一类。
二级则是指军区之中的军卒。
三级则是各地留守的守备部队。
四级则是指屯田兵。
除屯田兵不发军饷以外，现在黄巾军中其余各级的部队全部都发放军饷。
每三月一考评，半年一升降，优者升，劣者下。
黄巾军一直以来，都是靠着查抄豪强世家的资产来充实钱库，并用其发放军饷。
虽然鼓励商业，让商业兴盛了一些，太平道的财政得到了一定的缓解，但是军队开支巨大，仍然是有些入不敷出。
占据了关中之后，坐吃山空的情况进一步的得到了缓解。
董卓败亡，关中大部分的豪强世家仓皇逃窜，很多的工匠被滞留了下来，这其中就有专门铸币的工匠，而铸币的器械也大部分完好无损。