但是，时势的变化没有阿保机期待的那样完美。渤海毕竟立国两百多年，将它一举灭掉不是太难。但要将它真正消化掉，可就不是这么容易的事。契丹军队只是一刀砍掉了它的脑袋，攻占了扶余和忽汗城两处重镇。原渤海国大部份疆域，契丹军队还来不及进驻。
很多渤海军民明知亡了国，也不肯老老实实投降当契丹的顺民，纷纷拉杆子起兵反抗。甚至有多个地方拥立了大氏皇族，掀起了波及渤海全境的战争。
渤海余党首先起兵的反抗中心在长岭府。他们阻断了从扶余到天福城之间的大道，使契丹与东丹之间的物资与信使往来，不再安全。阿保机对这股渤海余党的活动很重视，马上命两位重量级汉臣康默记和韩延徽统兵进讨。康、韩二将迅速进军，包围了长岭府。但谁也没有想到，渤海人在长岭府的抵抗，比之前的扶余城和忽汗城要顽强的多。契丹军围城数月而不下，阿保机没能活着等到康默记克城的捷报！
就在长岭府的战事方兴未艾之际，安边府、鄚颉府、定理府的渤海军民又起兵反抗，不承认东丹国的统治。各路反叛军拥立了大諲撰的一个弟弟，想要重建渤海囯。
局势迟迟稳定不下来，这让阿保机有些烦燥。契丹皇帝马上命他的五弟安端率军讨伐安边、鄚颉、定理等三府渤海余党，要尽快将叛军消灭干净！
安端的讨伐初看起来倒是比较顺利，很快三座府城均被拿下，两名叛军头目被擒送天福城，公开斩首！实际上三府的渤海余党并没有被打垮，他们只是退出了城市，钻进长白山打游击，要想真正消灭他们还任重道远。
结果安端的军队一离开，渤海余党又从山里穿出来，再次攻陷了定理府城。与此同时，南海府又发生反叛，大諲撰的一个儿子大光显逃出契丹人的控制，成为了南方渤海余党的领袖。
就像后唐灭前蜀的情况一样，纷纷而起的反抗浪潮，使得契丹大军无法按计划班师。阿保机为东丹囯制定的各项制度，以及授予耶律倍的各项权力，自然也就无法真正落到实处。