庆历年间，御前侍卫发生政变之后，吴奎上书说道：“开春以来，阴雨连绵,，气候反常。如今的兵变，发生在重要部门，流传到四面八方，让所有人惊骇不已。听说皇城司官六人中已处罚五人,只有杨怀敏还留用。人们说皇上任人唯亲,以情枉法。活捉反贼后,，您下令留活口，可有人擅自杀掉了他们。这些人必是反贼的同党，想要灭口,。否则，为什么不听从皇命？”于是他请求赵祯召见面议,，深受赵祯器重。
后来，他调回京城任右司谏,，改任起居舍人、同知谏院。每次他极力进谏,，都是劝赵祯约束近侍、佞媚、拍马之辈。吴奎上书弹劾开封府尹魏瓘，结果魏瓘被调到越州。彭思永论事时，赵祯追问其中一些消息的来源。吴奎代他回答道：“按照法律，御史有权保护其消息的来源,。如果追问告密之人，那以后还有谁敢为我们提供情况？这岂不是自己遮掩自己的耳目吗？”赵祯于是不再追问。
至和三年，天下大闹水灾,。赵祯诏令朝野议论朝政得失。吴奎上书说道：“皇上在位三十四年，还没有确定皇位继承人。皇上不要听小人的鬼话，误了大事。如果在匆忙急促的时候，大权旁落，记录在史册上，也被万代后人所叹惜愤恨。我不愿意皇上以如此贤明的资质而抵挡危险存亡的较量。这件事不能犹豫,希望您早日决定。”赵祯被他的话感动，授他翰林学士一职，管理开封府。
吴奎通晓从政之道，遇事灵敏迅速,，下吏不敢欺瞒。有一个富人孙氏垄断财务,有亏欠他利息的人，直至被夺家产、妻女。吴奎收集孙氏历年罪恶，发配孙氏兄弟到淮、闽,。有声势的不法之徒从此害怕、收敛。治平年中,，他父亲离世，悲痛伤身，在墓旁搭棚守墓,，逢年过节时以洁净、庄严地祭奠,，不举行佛教礼仪。
赵顼刚即位时,吴奎刚守满孝,，官复原职。一月后,，升任参知政事。御史中丞王陶,因为韩琦不去文德殿押班而诋毁韩琦，吴奎陈述王陶的过失。皇上下令改任王陶为翰林学士,吴奎坚决说不可。王陶又上奏，说吴奎迎合依附韩琦。王陶被调出京城，吴奎也以资政殿大学士的身份任青州知州。
司马光劝皇帝道：“吴奎名望清正显重，现在因为王陶而贬谪吴奎，恐怕大臣们会感到不安，都要求辞官。皇上刚即位,这样做对天下的议论不合适。”赵顼于是召回吴奎去中书省任职。等到韩琦罢相后，吴奎也出任青州知州,第二年去世,享年五十八岁。
吴奎少年时，家里很贫穷。等他发迹之后，也效仿范仲淹的故事，买田作为义庄，所有禄俸，尽数赠送给同族。他死后，他的儿子以至于无屋可以居住，时人称为清白吏子孙。
赵顼因为韩琦、吴奎同时被罢免，于是擢升张方平、赵抃王参知政事，吕公弼为枢密使，韩绛、邵元为枢密副使。赵抃曾经担任过成都知府，召回谏院，没有就职过省府。突然命他为参政，几乎是宋朝的头一例，群臣大为疑惑。
等他进谏拜谢，赵顼当面说道：“朕闻卿单人匹马入蜀，只有一琴一鹤，作为随从。为治简易，想也是如此。朕所已破格录用。”赵抃顿首说道：“既承恩遇，敢不尽力！”自此竭诚图报，遇有要事，无不尽言。但是张方平有负众望，御史中丞司马光，上奏说张方平不合适，赵顼不从。赵顼反而罢了司马光的中丞之职，令他为翰林学士。
曾公亮又建议擢升王安石，张方平力言不可。不久，张方平父亲去世而离职。当时唐介又为御史，迁任三司使。赵顼神令他为参政，接替张方平，但是赵顼心中总不忘王安石。
熙宁改元，赵顼令安石越级觐见。赵顼问他治道何者先？王安石答道：“须先择术。”赵顼又道：“唐太宗何如？”王安石说道：“陛下当效法尧舜，何必念及唐太宗。尧舜治天下，至简不烦，至要不迂，至易不难。不过后世君臣，不能晓明治道，于是说他高不可及。尧是人，舜也是人，有什么奇异难学的呢？”
赵顼说道：“你竟敢责难于君，但是朕自觉渺小，恐怕不足以满足你的期望。还愿你尽心辅佐朕，共图大治！”王安石说道：“陛下如果听臣的话，臣敢不尽死力！”说完就退了出去。一日，侍讲经筵，群臣讲完，陆续散去。王安石也想退班，赵顼却命他暂留，特赐在自己身旁落坐。
王安石谢坐，赵顼说道：“朕阅汉、唐历史，如汉昭烈必得诸葛亮，唐太宗必得魏征，然后才可以有所作为。诸葛亮、魏征二人，岂不是当日奇才？”王安石说道：“陛下如能为尧、舜，自然有皋、夔、稷、契。如果能为高宗，自然有傅说，天下甚大，何材没有？诸葛亮、魏征还不足道！但恐陛下择术不明，用人不专，就是有皋、夔、稷、契、傅说等人，也不免为小人所排挤而去。”