当时灾异频繁发生，流民大批出现，当朝宰相王随、陈尧佐及参知政事韩亿、石中立却束手无策。韩琦接连上疏弹劾四人庸碌，痛陈宋朝八十年太平基业，绝不能“坐付庸臣恣其毁坏”，使四人同日罢职，所谓“片纸落去四宰执”。自此，他名闻京师。
韩琦还严厉抨击当时“货赂公行”、“因缘请托”的风气和“侥幸日滋，赏罚倒置，法律不能惩有罪，爵禄无以劝立功”的腐败作风，建议赵祯从朝廷内部“减省浮费”、“无名者一切罢之”。王曾称赞他道：“今言者不激，则多畏顾，何补上德？如君言，可谓切而不迂矣。”韩琦听后，愈加自信。
宝元二年，四川旱灾严重，饥民大增，韩琦被任命为益、利两路体量安抚使。他到任后，首先减免赋税，逐走贪残不职吏，淘汰冗役数百人，然后将当地官府常平仓中的粮食全部发放给贫困百姓，又在各地添设稠粥。蜀民无不感激地说道：“使者之来，更生我也。”
韩琦从四川调回京城，就向朝廷详细剖析了陕西边备形势，被任命为陕西安抚使。到了陕西，他看到苛捐杂税很重，百姓非常穷苦，一律予以免除。
康定元年正月，李元昊大举围攻延州，守将刘平、石元孙在三川口兵败被俘，镇守延州的范雍降职他调，韩琦大胆因“荐引朋党”罪名而被贬至越州的范仲淹。他在上奏章中说道：“若涉朋比，误国家事，当族。”又为被诬陷的刘平宗族子弟申辩。韩琦以枢密直学士与范仲淹一同被任命为陕西经略安抚、招讨副使，充当安抚使夏竦的副手。韩琦主持泾原路，范仲淹主持鄜延路。