大屠杀结束后，西班牙殖民者虽然一次性便清除华人的“威胁”，却也因此有得罪明朝的危险。殖民当局担心明朝会采取军事进攻、断绝通商等报复行动，便于次年遣使向明廷进行“解释”。福建巡抚徐学聚将事件上奏朝廷，万历帝听闻后暴怒，下诏将张嶷枭首示众，同时令徐学聚严厉斥责西班牙殖民当局。
巡抚徐学聚等亟告变于朝，帝惊悼，下法司议奸徒罪。三十二年十二月议上，帝曰：“嶷等欺诳朝廷，生衅海外，致二万商民尽膏锋刃，损威辱国，死有余辜，即枭首传示海上。吕宋酋擅杀商民，抚按官议罪以闻。”见《明史·列传第二百二十一·外国四》。
徐学聚等人奉命“问罪”西班牙殖民当局，然而在他们颁布的《谕吕宋檄》中，虽然一开始也宣称“尔吕宋部落无故贼杀我漳、泉商贾者至万余人”，实属严重罪行，但考虑到对方认罪态度较好，况且“海外争斗，未知祸首；又中国四民，商贾最贱，岂以贱民，兴动兵革?”，竟然为对方的暴行进行辩解。
殖民当局见到这份“问罪状”如释重负，自此看清明朝色厉内荏、糊涂颟顸的本性，在之后剥削、屠杀华人的行动中变得更加肆无忌惮。
去世明朝没有向西班牙还击也有深层次的原因。在17世纪，美洲白银的流入，加上大明朝廷超量印发宝钞，彻底击垮了以宝钞为基础的明朝信用货币体系。所以自嘉靖后期，国家货币财政开始陷入危机。
但是在宝钞制度名存实亡和盐引制度被废除后，大明朝廷事实上已经没有能力发行公债或信用货币来解决财政赤字。而且万历三大征也耗尽了帝国的元气，已经无力对外征伐了！