1793年9月，由于南方的保王党与邦联党人相互勾结，在土伦发动了阴谋叛乱，导致英国地中海舰队不费一枪一弹，就占领了法国在南方最大的军港。
看到如此机遇，不愿意缴纳赎金就收复尼斯的撒丁军队，也随即撕毁了尚未到期的合约，再度从陆地与海上两个方面入侵共和国。
鉴于撒丁人在战争中出尔反尔的恶劣行径，在卡尔诺执政军委会时期，就将“彻底打败撒丁王国，继而吞并萨伏伊公国”，列入了意大利军团的军事目标。然而，直到卡尔诺下台前，这个看似不起眼的“军事小目标”，却始终未能实现。
那是在1794到1795年，法国的战争重点在北方的比利时，以及莱茵河西岸的莱茵兰。在全法国“一切为了北线”的政治号召下，南方的兵源、马匹、火炮与军需都需要优先满足北线的各个战场。
也是这个缘由，使得号称10万之众的意大利军团，其实际兵力不过4、5万，而且一直处于缺衣少食的窘境，枪炮弹药和各种军需都严重不足，其战斗力自然不堪大用。
好在法军阵地对面的撒丁军队，其军事素质也好不到哪里去，很多时候还不如松松垮垮的法国人。如果不是身为盟友的奥地利军队，在博利厄元帅指挥下时不时的出兵帮衬一下，从侧翼袭扰战斗力不强的法军，或许克勒曼的意大利军团早就占领了萨伏伊公国。
与此同时，结束了在旺代与布列塔尼督战，回到巴黎的第一执政，也因为意大利军团的糟糕战绩，而对那位粗鲁傲慢，缺乏决断力的克勒曼也失去了信心。
于是没过多久，安德鲁便找了个理由，将那位“瓦尔密的胜利者”与“共和国的捍卫者”的克勒曼老将军调回了巴黎。在授意国民公会给予对方一个荣誉元帅头衔后，便将其扔到了元老院里养老。之前，安德鲁承诺给克勒曼的莱茵兰总督职务也被撸掉了。
1795年10月，已晋升少将军衔的拿破仑离开巴黎，来到干里之外的意大利军团大本营，尼斯。
因为众人的反对，安德鲁一开始并没有任命拿破仑担当意大利军团的司令官，而是令其作为军团下属一个精锐混编师团的指挥官。至于军团总指挥则是安德鲁的老朋友，一心想着提前退休养老的康克洛将军。
上任伊始，康克洛就依照安德鲁执政官的授意，将拿破仑-波拿巴视为下一任的军团司令官，他极少干涉已实际成为军团副总指挥的拿破仑的行动自由。因此，年龄相差近30岁的两位将军的关系显得十分融洽。