倭寇的威胁固然是巨大的，但绝不是致命的，大明最大的威胁来自于蒙古高原的游牧骑兵。
洪武和永乐皇帝时代的远征，使得蒙古人遭到重创，并发生了分裂。
但当明朝军队逐步衰落之时，他们开始发动了对明朝的反击。
公元1449年，蒙古军队俘虏了明朝皇帝并直逼京师，防范来自于北方的威胁成为大明王朝的战略中心，因此必然在海洋方向撤退。
大多数明朝官员们，不仅不了解水师的重要性，反而挪用本该用于水师的资源。
大运河开通后，他们把水师调往运河运输粮食，水兵变成了运输工人。
沿海士兵七成以上被派去种地，三成被派去造船，大批水师人员被调往京城修建宫殿，本该用于海防的人力被运输业、农业、建筑业所占。
最为可气的是，短视的皇帝们大量挪用水师饷银。
1425年停止海上远征，所节省的经费被用来赏赐皇帝的家属。1436年战舰制造被大大削减，经费被用来修造皇帝的坟墓。
第四，明朝政权的腐化和地缘政治思想的落后，也是明朝水师衰落的重要原因。
明朝的腐化所带来的危害是显而易见的，皇帝挪用水师饷银，宦官动用运输船队，军官克扣水兵军饷，并动用战船进行走私活动，都造成了大明水师的疲惫不堪。
同时整个明朝陷入党派之争，没人关心明朝的海上利益。
腐败的危害显而易见，但思想观念的阻碍却难以察觉。
中国古代地缘政治思想，有着两个致命的弱点。第一缺乏海权观，是典型的大陆性地缘政治观。
中国并非缺乏航海传统，在春秋时代就有了海上运输和海军。
但缺乏对海洋战略价值的重视，只有像郑和等少数人有这样的战略眼光。
郑和舰队的部分成员拥有海上探险精神，为此他们曾深入前人从未涉足的海域，他们实际上是进入南太平洋和南大西洋的第一批航海家。