第一，向海洋扩张原动力的日益消失，应该是促使水师衰落的最明显也是最直接的原因。
这就得说一说，当初大明水师是如何强大起来的。
日本海岛的海上威胁、海外贸易的高额利润、人口向东南迁移而引起的对东南沿海防务的重视、为了消灭张士诚与方国珍的海外残余势力等等原因，构成了明初水师发展起来的动因。
后来就是为了对付倭寇。
而在明朝水师的重重打击下，倭寇遭受重创。据载，十五世纪中叶，倭寇入侵只有十四次，其中十次被粉碎，倭寇不敢再大规模地进犯。
加上中日“堪合贸易”（明代外国来华进行朝贡贸易的一种称呼，也称为“贡舶贸易”）的兴起，这样倭寇组织者便等于有了合法的贸易渠道。
倭寇的威胁逐渐貌似不足为虑了。
在郑和的武力镇压，以及明朝的招安下，以东南亚为基地的中国海上流民被消灭，尤其是陈祖义被消灭后，他们或投靠明廷，或销声匿迹。
这就意味着，自南宋开始形成的南洋华人贸易网被粉碎，已无法构成对大陆的威胁。不管是在海防安全方面，还是在贸易垄断方面。
必须承认，海上远征所带来的光荣是巨大的。但也必须承认，朝贡贸易的利润很快便消失了。
随着明朝军力的下降，和纸币的贬值等原因，明朝廷再也无法用强行压价和支付纸币来赚取利润。
举一个简单的例子：1433年明朝能用半贯纸币买到时价5-50贯的香料，能用50贯纸币购买一两黄金，而官方兑换率是400贯。但在1453年当香料市价5-8分白银时，明廷需付7分现银，朝贡贸易已经无利可图了。
当没有利润可图时，海洋扩张的源动力自然消失不见。
第二，沿海一带人口的减少，也是水师衰落的一个重要原因。
长达三个世纪的向东南沿海的人口大迁移停止了，大批人口回流内陆，比如：浙江人口从1050万降至530万，福建人口从400万降至200万，广东人口从300万将至200万。
人口和经济中心的北移，使得向海洋扩张的压力大大减轻。
这一时期的一系列变动，使得明朝对海洋的兴趣减少、缺乏刺激，水师衰落似乎不可避免的了。
水师衰落的第三个原因，明朝把资源投向其他方面。