前田利常虽死，但是他的抵抗却为福井藩、小滨藩赢得了转移的时间。其中越前福井藩撤往了北近江和山城国（京都所在地），并且取得了伏见城作为新的居城，还得到了位于琵琶湖西岸的高原城（棱堡）作为抵抗兴武天皇大军的据点。
而小滨藩则移往丹波龟山城，领有了明智光秀所筑的龟山城已经周围10万石封地。
而且把手北近江东面的彦根藩也完成了长浜城堡（棱堡）的修筑。
虽然朱慈炯和上杉纲胜的军队很快扫地了越前、若狭两国，但是却在进取北近江时失利，没有能在宽永三十年深秋来临之前打破长浜城，不得不返回福井城修整。
与此同时，兴武天皇的石见和北九州之战，则因为大阪“十人两替”的帮助，取得了非常好的结果。坐镇名护屋城的德川光义和小仓藩的小笠原忠真被长崎、平户、博多的奸商，还有欠了一屁股债的岛津家出卖。在德川光义救援小仓城的时候，名护屋城的城门被来援的岛津家骗开，迎入了从海路过来的兴武天皇。
随后，兴武天皇所部和岛津家的军队又去攻打小仓，在事先潜入的商人内应的配合上，突袭成功。德川光义和小笠原忠真双双逃亡，从海路逃回了大阪。随后小笠原忠真成了替罪羊，在大阪城切腹！而德川光义则被迫隐居出家，回尾张藩当假和尚去了......
而在拿下了丰后国后，九州的福冈藩（黑田家）、佐贺（锅岛家）、久留米（有马家）、柳河（立花家）、熊本（细川家）等强藩相继倒戈。再加上之前倒戈的长州、萨摩两藩，兴武天皇这一路可算是收获颇丰。