其中上海虽然发展很快，但是底蕴终究不足，没有个十年二十年的，也很难替代广州、泉州成为天下第一港。
而广州、泉州又处于南明皇权控制能力的边缘......也不是说掌控就能掌控的！
泉州姓了郑，就不必多说了。广府的情况也好不到哪儿去，虽然曹友义已经带着二三十万“讨饭团”去广府安家，还在人烟稀少的“港深”一带筑城开垦，但是他们的到来，最多也就是震慑一下广府、肇庆、惠州一带的土客豪族，连潮汕那边都不大买账，活跃在广东沿海一带的海商、海贼就更不受控制了......
右通政司管的是军邮，也就是信息、命令的传递。现任的司使是恭顺侯吴汝征。
武卫司管人事的，不过不是管理全部人事，只管军官任职和调度，不管军官的升迁、降级和考功——也就是军官去哪里任职，由大元帅府武卫司管。而军官的升降裁汰，由兵部考功司管。
目前掌握武卫司的是从山东回来的李若琏。
锦衣卫还和原来一样，是个特务组织，由朱纯杰控制。
而上直卫则是个管质子的衙门——朱慈烺还是部分采纳了《谏封建议政疏》中的建议，实行“官府者官府之，封建者封建之”的政策，对于暂时没有能力实行流官管理的地盘，采取分封藩主（内藩，臣服大明的藩属国称为外藩）的办法加以控制。而受封的藩主，就要交出人质，通常是质子，到了南京、武汉后，就授予一个上直卫的官职养（控制）起来。