不过，剿还是抚，余大成决定都不管了――既然孙元化没死，那么如何应对叛军就他是首当其冲，愿意剿还是抚悉听尊便。当即关照将师爷请来，斟酌着怎么调遣援兵和更要紧的事情――怎么给朝廷写奏折。
但是余大成的命运已经无法改变了，他的奏折刚刚发出去没多久，正月十三日，叛军攻克黄县。余大成遭革職，随即遭到逮治。不过，此时孙元化已经在莱州站稳了脚跟。他的奏折也已经正式上奏到了朝廷。
孙元化很有当官的悟性，登州城破之后孔有德、李九成等人企图拉他入伙为王，树旗造反的事和随后受到鹿文渊等人的“启发”之后，已经意识到“抚”不但无法解决这次叛乱，反而会给自己在朝中树立无数的敌人――特别是山东籍贯的官员，如果自己继续坚持抚局，必然会遭到原本中立态度的他们的集中攻击。
因而他在给徐光启、周延儒、熊明遇等一干人的信件中，在简单的报告了自己“突围脱险”的经过之后，对以后的对策一改以往的态度，提出要“痛剿”。
不但要动用直隶等地的兵马，还要从辽东调回部分精锐军队来参加战斗。
当然，这个“痛剿”的转变不仅出于维护自己的政治前途的考虑，还有他对自己一贯信任孔有德等东江旧人，却被他们利用叛卖之后的痛恨成分在内。
鹿文渊等人时刻注意着莱州的状况。因为无线电设备有限又贵重，所以鹿文渊到屺母岛之后很快就建立了鸽子棚，建立起信鸽通信系统。孙元化小组随同孙去莱州前，专门携带了一组信鸽。因而每天都有报告送到鹿文渊的办公桌上。