「既然是雪斋大师吩咐的……」得到通知的武田晴信尽管遗憾万分，但他也知道以今川义元的性子，此刻肯定会听太原雪斋的话撤退，自己也没有办法单独坚持下去了，「那就照做吧。」
在各自发动一轮佯攻后，今川军和武田军各自退出战场。随后武田***向列阵，掩护今川军撤离，今川军则飞速向西南挺近，直奔东寺而去。就在大友军完整地夺回东福寺之际，东寺也被今川军拿下了。随后武田军也尾随而来，进驻了随林寺。眼看侧后方受到威胁，大友军也不敢继续进攻，而是开始在东福寺稳固防守，北畠军、北条军和斋藤军终于得到了喘息的机会。
另一面，腾出手的三好军则开始试图寻捕满地图乱窜的织田军。而长尾军则不管不顾，仿佛一个认准武田晴信的痴汉一样，直接追击武田军就往随林寺而来。
而织田信长这次的路线更加飘忽不定了，居然没往二条城和皇宫去，反而在占领法光寺后，直接走小巷往东北的新善光寺绕去，让北上法
光寺的三好军扑了个空。紧接着，织田军直接从七条大桥上跑了过去，窜到了鸭川东岸——第一次京都合战时，就是织田军从鸭川东岸窜到鸭川西岸，把战局彻底打乱——这次他们反而是反过来了。
驻扎在七条大桥旁的三十三间堂里的部队是一色军和三村军这两支鱼腩，而三十三间堂因为上一战中的大火，院墙损毁非常严重。以至于一色军和三村军看到神兵天降般出现的织田军时，吓得根本不敢动弹，还以为整个北军的一线部队都瓦解了而织田信长也没有搭理他们的意思，径直南下，直奔泷尾神社而去。泷尾神社内的山名军和河野军本来正在全力应付朝仓-浅井联军的攻势，丝毫没有注意到背后的不速之客。织田信长直接打破北门，突入神社内，泷尾神社瞬间陷入了极大的混乱之中。
朝仓宗滴见状，立刻指示浅井军让开泷尾神社的东门，而朝仓军则猛攻南门和西门，围三缺一。他只想拿下泷尾神社，不愿意和困兽犹斗的关西军队死拼而付出伤亡，自然乐意放他们离开。军心大乱的山名军和河野军也领了情，二话不说就开门逃窜，投奔智积院的游佐军和波多野军去了，泷尾神社也被南军成功占领。
随着天色渐晚，南北两军也逐渐偃旗息鼓，脱离了接触。南军在一天的攻势内，成功拿下了东寺。随林寺和泷尾神社。然而，由于长福寺的得而复失，目前位于东寺的今川军和随林寺的武田军，却被和鸭川东岸的南军主力分割开来了。
于是，天文十四年年4月9日起，南军为了打通两部之间的联系，开始集中兵力猛攻作为战略枢纽的长福寺。北军自然也不会轻易放弃这个抓手，将丢失了阵地的山名军和河野军也调到了西岸，由他们和毛利军、大内军、大友军、赤松军、浦上军一起，轮流进入长福寺戍守，抵御南军的攻势。
毛利家是大内家的从属，大友家和河野家是盟友，大内家和大友家也是同盟，而他们和山名军之间又有着共同的敌人尼子家——这几家大名在地缘利益上颇为一致，没有什么矛盾，也不会刻意地出卖友军，配合融洽。反观南军各部，从西边攻来的今川家与武田就爱和从东边攻来的斋藤家和北条家之间却是不对付。此消彼长之下，长福寺也是久攻不下。