等到复仇者号经过几年的发展，加入了大量科研人员，战士和经受考验的志愿者后，复仇者逐渐成长到反抗者高层期望的目标——一个具有超强隐身能力，良好联络能力的空中行动平台。
为了做到这一点，各国再次把精英和最新技术汇聚一处，把这艘飞船里外翻新了一遍。不仅在它的表面采用了热量屏蔽技术, 还加装了先进的光谱隐身材料，这样一来，复仇者号在雷达屏幕上的反馈面积就只有一只乌鸦那么大。
随后飞船的内部被打造成了X现在的行动基地，不过现在处于运行状态的舱室是研发部，工程部，司令部和军械部和X的看家本领——灵能实验室。
而飞船依旧还有70%的空间在等待更多的扩建计划。
灵能实验室分为两个工作组：造物组和行为组，行为组秉承自X前代的GEIST项目, 负责发掘有潜力的人类灵能战士。而造物组则专注于打造能够发现灵能, 捕捉灵能甚至利用灵能的工具。
灵能实验室的负责人是马林博士，这也是曾经位于法棱博士之下的老员工，也是GEIST项目的亲历者之一。让老资历者安排成为这个项目的主管，也是让沈，法棱和约翰放心的。
工程部的领袖是刚刚满18岁的莉莉?沈……不要误会，老沈可没有死，但是他也选择了成为顾问而不再担任实际职务了。
莉莉虽然很年轻的样子，但是其工程维修的手段和超强的网络骇客技术还是非常出色的。而且她还以完成一项超级工程而大功傍身，再毫无争议的舆论下成为了主管。
研究所位于飞船的动力核心周围，作为一个重要的部门，它跟处于货船头部的核心比起来，有点像摩托车跟路虎一样的体积比例。
研发部的主管也换了一位新人，理查德?泰根，一位黑人博士成为了复仇者号上的研发部新主管，不过目前他还在适应着工作中。