在组织结构上，共济联盟主要分为两级组织——会所和总会所。
其中，总会所是共济联盟每个区域的最高组织形式，各总会所之间的关系是平等的。
而围绕总会所，建立的分会所，是共济联盟最底层的子机构。
共济联盟在人事管理构架方面，各级由上到下，根据各级管理人员的分工不同，有着严格的人事名称等级。
每座总会所的最高管理职位名为会长，又被称为尊主。
尊主的职责，主要是指挥总会所内的大小事务，且对辖区内的其它分会所拥有一定的管理权。
同时，每座总会所的尊主每隔一段时间，也会代表各自区域的共济联盟会所，参加共济联盟全球最高规格的聚会和交流活动。
尊主之下，名为首席督导员，是会长的副手。
首席督导员之下，是次席督导员，主要负责在会所举行宴会或其他社交活动。
尊主、首席辅导员、次级督导员，是共济联盟每座会所之中，最为核心的三个管理职位。
而在这三个核心管理职位之外，还有司库、秘书、执事、干事、外卫等职位。
其中，司库主要职责是记账、收集会员年费，支付账单，并向总会上交年度会费。
秘书主要职责是，向会所内的成员发出会议传票，进行会议记录，完成会议相关的各事项数目统计并汇报给总会，以及对尊主提供程序流程方面建议。