后世历史爱好者在研究大齐帝国官制时，经常容易犯下的错误是说大齐制度为齐承明制。
从表面上看，齐国官制与前明颇为类似，仔细比较还是有一定差别的。
在中央，以首相替代内阁，六部（礼户吏刑工兵）直接对皇帝负责。
首相授大学士衔（华盖殿大学士、建极殿大学士、文渊阁大学士等），正二品。
设内廷大总管，东方祝为首任总管，大总管位列十二监、二十四衙门之首，与首相一起，有批红之权。
区别于明制的一点是，武定皇帝对外戚勋贵势力颇为重视，另设成国公头衔，由外戚勋贵担任，与首相、大总管一样，亦享有奏章批红权。
如此以来，大齐顶层便形成了相权、宦权（大总管）、皇权、外戚勋贵四权分立的局面。
首相负责对全国事务进行票拟（提出处理意见），大总管与勋贵负责对票拟批红（批准意见，代行皇权），最终诏令下达前，须呈皇帝御览。
大总管下设掌印太监一人，秉笔太监若干，掌印太监统管司礼监，首席秉笔太监掌东厂、镇抚司（蓑衣卫）。
齐中枢设六部（行宫、王宫各一套班子，一实一虚），六部下各设清吏司，其中户部、刑部各十三清吏司。
令设检察院、友爱寺。都察院由前明的都察院发展而来，主掌监察、弹劾及建议。友爱寺掌刑狱案件审理，由前明大理寺发展而来。友爱寺、检察院、刑部因同掌司法，合称中央三司。
此外，大齐废除前明官制六科给事中（即言官），废除掌侍从，原先的谏诤、补阙、拾遗、审核、封驳诏旨等职责，由训导官负责，御史亦被废除。
在地方，大齐延续从元代便开始施行的行省制，仍旧为省、府、县三级，省府县三级主官由皇帝直接任免，县以下为乡、村，乡村皆为农会、商会选出代表直接管理。
大齐行政机构，远期规划为三京八十一省（包含安南、朝鲜、日本行省），三京为中京（天心城）、东京（平壤）、南京（雅加达）。
八十一省除关内三十六省外、还有辽东四省、蒙古五省，朝鲜三省、倭国十省、安南国六省、真腊国(今柬埔寨)三省、暹罗国(今泰国)六省、占城国(今越南南部)三省、苏门答剌(今苏门答腊岛八昔)两省、爪洼国(今爪哇岛)三省、湓亨国(今马来半岛)两省、三弗齐国(今苏门答腊岛巨港)三省、渤泥国(今文莱)两省····
其中，均州（顺天府）一带的直隶府合称直隶。
各省最高行政长官为巡抚，下有承宣布政使司、提刑按察使司和行都指挥使司（合称地方三司）
大齐与前明在军事方面的差别，后文会详细介绍，这里暂时不表。
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太初三年三月，武定皇帝颁布诏令，委任原吏部侍郎葛业文为河南巡抚，南明降官路振飞为湖北巡抚，两人在洛阳谢恩后，立即分赴开封、襄阳，走马上任。
为加强对新占领区的统治，避免大军东征朝鲜期间后院起火，各府州县的官员都换成开原系老人，一大批从学堂毕业的训导官、商会学徒进入府州县衙门任职。
在大清洗运动中成长起来的农会，凭借着武力支持，架势牢固掌握县以下权力，代替了原先依靠宗法、族长统治乡野的“乡贤”治理体制。