电影《三叶虫号》的开始，是从李星璇考验刘小七开始。
刘小七以自己出神入化的飞船驾驶技巧甩掉海盗，船上众人掉头反杀，一番精彩的打斗，将“死神”海盗团一网打尽，拯救了木卫二。同时把几个关键人物：李星璇、黑鸭子、吉娜交待完毕。
一晃数年已过，三叶虫号在小行星带，也开始渐渐闯出了一些名号。一天，李星璇在“蛇头”桑尼羊的介绍下，和一位谷神星的地头蛇见面，对方给了李星璇一个箱子，让她交给火星国立细胞研究所的班农院长。
李星璇等人接了任务，往火星飞时却发现有海盗尾随，意图截货。刘小七再次大展神威，以一敌三干翻海盗船，有惊无险地到达火星。但李星璇怀疑事有蹊跷，于是从箱子里偷偷截了两个试管。
交完货后，李星璇请同一个叫维尼的朋友帮她检测，很快维尼和她的朋友小九便测出这里面有种非常致命的病毒。维尼赶紧联系李星璇，朋友小九坚持向班农院长报告却被杀害。
班农杀害小九后派人找维尼，却被正好赶来的李星璇一行人救下。一行人分析后发现事不寻常。
李星璇找到火星中调局的斯图尔特报警，斯图尔特却告诉李星璇此时病毒早已在火星大规模流行，但被火星高层掩盖。火星现在上下一心只想陷害地月联盟。
就在这时，新闻里出现了地球发现未知病毒，地球正在试图全力隔离病毒的消息。同时火星总统义正辞严地声称地球人反人拳，不渍油等帽子。同时污蔑地球人把病毒传给了高贵的火星人。
李星璇义愤填膺，通过将更早时间疑似因此死去的病例的尸体进行尸检，得出确凿的病毒源自火星的证据。然后在斯图尔特的帮助下全媒体公开真相。
火星社会大乱。新临时总统向地球求助，导致火星军方叛乱。就在总统一方节节而三叶虫号作为生力军加入新总统一方，在一场烧钱的星际大战特效之后，总统方英勇地挫败了叛军。最后地火联盟一起对抗病毒这个全人类的共同敌人。
大结局。一共两个半小时。
故事线上来说，是一个比较紧凑的故事了。因为李星璇这个人物是第一次亮相，所以还需要再补一些独有的，有利于加强李星璇人物塑造的情节——也就是补拍。
而且电影嘛，肯定不能完全跟电视一样，一些细微的剧情，尤其是特效上电影可以再加大一点力度……