此外，国子监也与翰林院相接近。置祭酒1人（从四品），司业1人（正六品）。其下设绳愆厅，以监丞1人（正八品）掌执学规；博士厅，有《五经》博士5人（从八品）分经讲授，助教15人（从八品），学正10人（正九品），分率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂为士子肆业之所，这是明代所特设的；典簿厅，有典簿1人（从八品）；典籍厅，有典籍1人（从九品；掌馔厅，设掌馔2人（未入品）。
首先，地方行政长官本身就是多重职能的统一，这样就使其在处理地方事务中，自然而然的会站在“父母官”的立场与自我认识上，由此造成的弊端（特别是非主观造成的不公正）有目共睹。其次，在明清时代的民间法律关系中，调解与诉讼是被中外法律史研究者们讨论最多的，本文也将以引用国外及国内的学者们一些观点的方式来阐明笔者的观点，诉讼与调解在明清地方社会中各自所具有的显著特征及“差异”（其实本文的观点是两者没有什么差别），正是由于强大的家长意识所致。
1、地方官员——行政与司法的统一明代的地方官署的建制，基本上是省、府（州）、县三级制，某些时期也曾有过省、州二级制和省、府、州、县四级制，但属于临时之制。此外，作为基层政权的里甲制虽非官吏建制，但里甲在封建官吏官僚体制中有着不可或缺的职能，所以也予以论述。
首先是省。明代的省是从元代的行省制度演变而成的。明初设行省统驭郡县，洪武九年（公元1376年）改行省为承宣布政使司。全国除南北直隶外，分为十三布政司，亦十三省。明代布政司的长官是布政使、提刑按察使和都指挥使。三司向为常设机构。明代中后期逐步形成总督巡抚率三司的制度，督抚由最初的差官变成地方最高长官。其中，总督辖区常常超过一省，巡抚则限于一省之内，常常有一省不止有一个巡抚的情况。
明代总督起初系因事临时设置，具有监察考核地方官吏的职权，名称也不固定，有“总督”、“总理”、“提督”、“经略”、“总制”等。总督往往以都御史充任，最初具有以文臣监督武臣的性质，“国初兵事专任武臣，后曾以文臣监督，文臣重者曰总督，此曰巡抚”，以后职权不断扩大，包括军务、民政、盐政、河道、漕运、农桑等，所管辖的地区也由边关扩大到内地，从一省扩大到数省，崇祯年间有管辖五省或七省的总督，尊称督师。
巡抚作为各省最高军政长官，设有巡抚衙门，其职权为抚循地方、考察属吏、提督军务。明代巡抚制度的形成适应了强化中央集权的政治需要和整肃兵备防御外寇的需要，对于省三司职权加以统一调节，改变了三司并立的权力结构。巡抚具有一省最高权力，但却没有形成“地方割据势力”，不能成为独立的政治力量，其原因在于：明朝皇权空前强大，巡按御史作为中央对地方的监察官员制约着巡抚的职权，而各省镇守、三司也不是巡抚的法定属吏。自永乐年间全国十三省设立镇守总兵，宣德以降各地设镇守太监，镇守总兵和镇守太监制约着巡抚。不仅如此，朝廷对巡抚的推举、考核、黜陟、改调、纠劾等控制很严，内阁、兵部、吏部都能指令巡抚。因此，明代的巡抚身为封疆大臣，但只能紧紧依附于中央政权，充当中央和省级政权之间的中介。
明代省级政权由布政使司、提刑按察使司和都指挥使司组成三司分掌行政、司法和军事。布政使司俗称藩台或方伯，为一省行政长官。左右布政使各一人，从二品；左右参政，从三品；左右参议，从四品，均无定员。其下设有经历司、照磨所、理问所、司狱司、仓库使、杂造局、宝泉司、织染局、军器局等部门。