一千多万人进入到宇宙飞船花了两天时间，首先保证正常运作的是各机构单位，这些机构是保证社会正常运行的基石，只有它们正常运作了，民众的生活和工作才能正常开展，不过在各机构运作之前，民众也需要时间安顿下来。
宇宙飞船的内部管理机构还是按照明华基地的那一套行事，不过古明还是新设立了一些机构单位，这是因为未来他们可能会有很长的时间是在这艘宇宙飞船里生存繁衍的。
古明要求新设立了一支宇宙部队，这支宇宙部队是为了应对未来在宇宙中遇到各种突发事件或者是意外事件而设立的突击部队，他们的武器有宇宙战机等等高科技武器。
四级超级战车系统里面的商城已经有了这些可以在宇宙中使用的武器，古明可以使用能量点兑换出来，这也让古明更加重视跟夏国和毛熊国之间的合作关系了，还好地球上还有他们这两个国家的存在，古明就算到了宇宙中他还是需要能量点的，在他没有在宇宙中找到可以增加能量点的物质之前，地球上的两国就是他唯一的能量点来源地。
古明还增加了一些机构作为管理宇宙飞船的补充，当然，最高机构还是原来的管委会，这个管委会的核心阶层也就是他的八个女人，他还让她们担任宇宙飞船的副指挥官，他亲自担任指挥官，古明取消了首领这个称谓，毕竟这个称谓比较适合在地球上的基地时代时，到了宇宙中他还是觉得指挥官这个称呼比较好听。
宇宙部队的士兵编制是二十万，可以说已经是军部的士兵人数的一半了，而且宇宙部队的所有士兵优先从军部的各部队里选拔，不足的话才从民间选拔，这支部队由古明自己亲自担任最高长官，董大伟不再担任军部的副部长了，他担任宇宙部队的副官，相当于二把手。
而且宇宙部队不属于军部管理，可以这样说，宇宙部队相当于末日前的空军，军部的各部队相当于陆军，两者都是同一等级的。
不过古明把宇宙部队和军部放在了管委会的下属机构里，他们的后勤财政那些事管委会划拨的，但是管委会不能指挥他们，只有古明才有指挥权，也就是说军权是属于古明这个指挥官的，没有哪个人或者部门可以对这两个组织指手画脚。
新增加了一些部门，还有民众的安顿问题，还有管委会下面的各大机构安顿问题，那些问题古明也没有过问太多，管委会的那些干部们会很好地处理好的，他让自己的女人们把关，自己回到住处庄园里去陪孩子们玩耍，或者陪长辈们聊天。