有人对盖勋说：“刘辩是未来的皇帝，蹇硕是陛下的宠臣，你都违背了他们的意愿，恐怕三怨成府。”
盖勋回答：“选举贤良的人为官是为了报效国家，不是贤良我不会举荐，死又何悔！”
盖勋虽然在长安为官，但深得刘宏的信任。
每逢有军国大事，刘宏都会下手诏向盖勋请教对策，并多次赏赐盖勋，非常荣耀。
此时，长安城只有官兵五千人，盖勋为了对抗凉州叛军，便向朝廷奏请征募士兵凑齐一万人，并表奏征辟士孙瑞为鹰鹞都尉，魏杰为破敌都尉，杜楷为威虏都尉，杨儒为鸟击都尉，第五儁为清寇都尉。
中平六年（公元189年）二月，董卓被拜为并州牧，率军抵达河东郡，停止不前。
盖勋听闻，知道董卓是在观望雒阳局势，意图参与政变，便下令防备董卓。
四月，汉灵帝刘宏驾崩。
八月，雒阳政变，大将军何进被杀。
九月，董卓废少帝刘辩，立陈留王刘协为帝，毒杀何太后，掌控朝政。
盖勋写信给董卓：“从前伊尹和霍光有那么大的功劳，结局仍然令人寒心，你只是个小丑，凭什么下场会比他们好？祝贺的人在你门外，吊丧的人就在你坟前！你还不敢小心一点！”
董卓看罢，非常忌惮。
董卓考虑到盖勋和左将军皇甫嵩在三辅地区掌控兵权，实在是一个心腹大患，于是征召盖勋为议郎、皇甫嵩为城门校尉。