赵佶虽然疏远了王仔昔，却又来了一个王仔昔第二。此人比王仔昔还要刁狡，被赵佶宠信了五、六年，这人就是温州人林灵素。林灵素家世寒微，从小就入佛门做童子，因为嗜酒不守戒律，遭到寺里僧人的鞭打，愤怒离去。后来，他往来于淮、泗之间。靠在寺庙里乞食度日，经常受到僧人的欺负。
他后来成了苏轼的书童，苏轼问他的志向，林灵素笑着回答道：“生封侯，死立庙，未为贵也。封侯虚名，庙食不离下鬼。愿作神仙，予之志也。”离开苏轼后，他加入了道教，远游四川。在这里，他声称得到了仙人赵升的传授，习得了五雷之法。赵升来头不小，是祖天师张道陵最得力的两个弟子之一。有赵升的悉心教诲，林灵素道法一日千里。
赵佶夜里梦到东华帝君召见于游神霄宫，醒来之后，觉得非常奇异，于是命令道士徐知常讲解游访神霄宫的事迹。这徐知常是著名的道教画家，善写文章，但对于神霄宫素不知晓，只好告假。徐知常为此愁眉不展，有人告诉他道：“道堂来了一个温州林道士，多次谈及神霄，并在墙壁间题《神霄诗》。”得到此消息，徐知常大吃一惊，他对林道士早有耳闻，马上奏报赵佶。
赵佶当即召见林灵素，问道：“你有何法术？”他回答道：“臣上知天宫，中识人间，下知地府。天有九霄，神霄为最高，其治曰府。神霄玉清王者，就是上帝长子玉清王，降生南方，号称长生大帝君，就是陛下。次子号青华帝君，降生东方，摄领东北。陛下能体天行道，上帝自然眷顾，宁有亲为父子，不关痛痒么？”
赵佶惊喜道：“这话可是真的？”林灵素道：“臣怎敢欺骗陛下？陛下如果不是帝子降生，哪能贵为天子？就是臣今日得见陛下，也是有一脉相连。臣本是仙府散卿，姓褚名慧。因陛下临凡御世，所以臣也随着降临凡间，来辅陛下宰治。”
赵佶听了这话，即命林灵素起身，赐令他在一旁坐下，问答了一番。当时正当盛暑的时候，宫中特别炎热，赵佶出外居在水殿，还是觉得很热，于是命林灵素作法求雨。林灵素道：“近日天意主旱，不能得雨。但陛下连日苦热，待臣去天阍，借来一甘霖，为陛下暂时致凉。”
赵佶问道：“先生既然已经转为凡胎，难道还能升天吗？”林灵素说道：“体重不能上升，魂轻可以驾虚，臣自有法处置。”说完，就退入斋宫，小卧了一会，又起身入奏道：“四渎神祇，均奉上帝诰敕，一律封闭。唯黄河尚有路可通，但只能少借涓流，不能及远。”
赵佶说道：“无论有多少，只要能得小雨，也可清凉。”林灵素奉命，就在水殿门下，披发仗剑，望空拜祷，口中喃喃诵咒，左手五指捏诀，装作了一小时。果然黑云四集，蔽日成阴，他向空中撒手，但听得隆隆声响，震雷甫应，大雨立下，约有三五刻时候，雨即停止。水殿中的炎热，已减去一半。赵佶惊异不已，有中使入报，内门以外，并无雨点。
赵佶于是以他为神，赐号金门羽客、通真达灵元妙先生，并赐金牌，可以随时出入皇宫大内。政和五年，赵佶又修筑通真宫，赐给林灵素居住。
赵佶后来又做了一个奇怪的梦，梦中太上老君对他说道：“你的宿命，便是要光大道教！”赵佶把这个梦告诉了林灵素。林灵素微笑着听赵佶说完，就告诉赵佶道：“陛下本来就是神宵玉清王下凡，号长生大帝君。自然肩负着光大道门的责任！”
林灵素还说赵佶的宠妃刘氏为九华玉真安妃，宠臣蔡京是左元仙伯，一众大臣都有相应仙号。赵佶大喜，封自己做了“教主道君皇帝”。从此道教成了国教。林灵素根据情势，说蔡京是天上神仙下界，但是内心对蔡京并不感冒。
他在太清楼下侍宴，看到罗列着苏东坡、黄庭坚、秦观等人的元祐党碑，当即稽首下拜。赵佶感到奇怪，问他这是什么缘故？林灵素说道：“这碑上之人都是天上星宿，不可冒犯神仙。”还即席作了首诗：“苏黄不作文章客，童蔡翻为社稷臣。三十年来无定论，不知奸党是何人。”赵佶听了，随即下诏毁掉石碑，并把这首诗转给蔡京。
元祐党碑正是蔡京的杰作，更何况林灵素诗中有讥刺之意。这种打脸的行为，蔡京自然“是可忍孰不可忍”，从此对林灵素恨之入骨。
赵佶又采纳林灵素的建议，新建宝菉宫、太乙西宫、建仁济亭施符水，开神霄宝菉坛。赵佶还诏命天下的天宁观改为神霄玉清万寿宫，没有道观的用寺庙代替。并设长生大帝君、青华大帝君像。
京城神霄宫建成后，赵佶率蔡京和群臣庆贺。早斋罢，赵佶引百官游观，忽然吟出一上联：宣德五门来万国。蔡京等沉思许久，不能回答。赵佶就问林灵素道：“你能对否?”林灵素应声而答道：“神霄一府总诸天。”赵佶大喜。
林灵素遵赵佶的圣旨修道书，改正诸家醮仪，校对《仇丹经灵篇》，删修注解。每遇初七日，他就升座，座下都是宰执百官、三衙亲王中贵，观看的人众多，他讲说《三洞道经》。京城士民由此开始信奉道教，林灵素出尽风头，蔡京等失尽面子。
蔡京根本不被林灵素放在眼里。比蔡京更有来头的佛祖、菩萨，林灵素也没当回事。他获得赵佶的信任后，便一力撺掇赵佶灭掉佛教。道教教主赵佶在他的怂恿之下，悍然决定灭佛，下令将佛教纳入道教，佛祖改称为天尊，罗汉、菩萨改称为大士。和尚改称为德士，尼姑改称为女德。佛教不能作为一个独立宗教存在，传播了近千年的佛教，差一点因为林灵素泄愤而亡。
林灵素在得势之时，门徒达到上万人，他是道教神霄派的创教祖师之一，被赵佶称为聪明神仙。
赵佶曾经对林灵素说道：“朕昔日到青华帝君处，获言改除魔髡，这是何意？”林灵素于是说是佛教害道，当今虽不可灭，合当改正。此事却惹怒了皇太子，于是上殿和林灵素争论，皇太子命令胡僧十二人、五台山僧人道坚等二人与林灵素斗法。结果僧人大败，情愿戴冠执简。太子乞求赵佶饶恕僧人，赵佶下旨释放胡僧。但道坚和尚是中国人，把其押送到开封府，刺面发配到开宝寺。
第二年，京师大旱。赵佶命林灵素祈雨，没有应验。蔡京趁机向皇帝进言治其罪，赵佶秘密告诉林灵素道：“朕诸事都听从卿的建议，你须祈求三日大雨，用来堵塞大臣对你的诽谤。”
林灵素急召建昌军南丰道士王文卿，他是神霄甲子之神兼雨部。王文卿到后，执简敕水，果然下雨三日。赵佶赏赐王文卿，敕加凝神殿侍宸。林灵素则益受赵佶眷顾，权势日益强大。
通真宫内有一室，是林灵素入静之所，常年封锁，即使赵佶来了也不让进去。蔡京派遣人暗中探访，据说室内有黄罗大帐、金龙朱红椅桌、金龙香炉等物。蔡京上奏赵佶，请赵佶亲自去察看。赵佶临幸通真宫，带蔡京一同到达，命林灵素打开锁，进入室内。里面却是粉壁明窗，椅桌二只而已，别无他物。蔡京恐慌，急忙伏地谢罪。林灵素明白这是蔡京在处心积虑构陷自己。
宣和元年三月，京师大水临城。赵佶诏令林灵素登城治水。诏令发出后，水势并未消退。林灵素回奏皇帝道：“并非臣不能治水。一者此事乃天道，二者此洪水因太子而来，须令太子祭拜，相信可以退水”。赵佶于是派太子登上城楼，赐御香，设四拜。恰好水退下四丈，夜里洪水退尽，京城百姓都敬仰太子的圣德。此后，林灵素上表乞请退职还乡，赵佶不允。
九月，有人向赵佶进言，说林灵素妄言迁都，妖惑圣聪，改除释教，毁谤大臣。林灵素听了大笑，知道是蔡京作祟，于是招诸弟子和监宫官吏说道：“皇帝前后宣赐给我的物品大约值三百担，自去年用千字文字号封销，记录分明，丝毫未用，可以交回宫中。”然后，林灵素走出通真宫，离开京城，只带了些衣被。赵佶宣唤，他也不回来。赵佶只好赐他居温州道观。
林灵素到达温州，他的弟子张如晦也辞官随他而来。宣和二年八月的一天，林灵素突然携带上表拜见太守，求他上交给皇帝。然后和州官、亲族、邻里诀别道：“尘世不可久恋，况且大祸将至，我当尽快辞世。”
在十五日月圆夜，林灵素对弟子张如晦说道：”我的法门只传授给你，尚有六印九符并六丁妙用神机，全部授予你，世代只传一人，不可轻泄。另有七宝素珠一串，如果皇帝来取，给他便是。你将来当是朝廷全节大忠臣，今日师徒分别，他时神霄宫再会。“于是羽化而去。
林灵素生前在城南山选好坟址，告知张如晦：“可挖掘五尺深的墓穴，见到龟蛇便下葬。”张如晦遵照师命，墓穴挖掘到五尺深，并未见到龟蛇，于是继续挖，直到深不可视，只好下葬。