耶律洪基尊奉辽兴宗遗诏，任命西北路招讨使、西平郡王萧阿剌为北府宰相，仍领权知南院枢密使事之职，北府宰相萧虚烈出任为武定军节度使，改年号为清宁，大赦天下。
耶律洪基即位之后，先后信用权奸耶律重元、耶律乙辛等，致使内部争斗激烈。清宁九年七月，耶律重元假称有病，想诱使耶律洪基在出猎时，顺路去探望他，然后与儿子耶律涅鲁古乘机刺杀耶律洪基而夺位。宫人耶律良发觉此阴谋，由皇太后转告耶律洪基。
耶律洪基不信，耶律良让他征召耶律涅鲁古。如果耶律涅鲁古不肯前来，就可确定此事千真万确。耶律洪基听了他的话，派使者征召耶律涅鲁古。使者到了耶律涅鲁古门前，耶律涅鲁古把使者扣留在帐下。使者用佩刀割破帐幕逃出，赶赴行宫将实际情形奏闻耶律洪基。耶律洪基这才相信，于是派兵平定了叛乱。这就是后世的武侠小说《天龙八部》里的有关情节，当然小说是萧峰萧大侠平定叛乱。
后来，耶律乙辛为了篡权，诬告皇后萧观音和伶人赵惟一私通。萧观音是耶律洪基第一任皇后，她的父萧惠是辽兴宗母亲萧耨斤的弟弟。萧观音相貌颖慧秀逸，娇艳动人，个性内向，很有才华，常常自制歌词，精通诗词、音律，善于谈论。她还弹得一手好琵琶，称为当时第一。
一次，萧观音跟着耶律洪基秋猎。到了一个名叫伏虎林的地方，她奉命赋诗道：“威风万里压南邦，东去能翻鸭绿江。灵怪大千俱破胆，那叫猛虎不投降。”萧观音还写了一首《君臣同志华夷同风应制》诗：“虞廷开盛轨，王会合奇琛。到处承天意，皆同捧日心。文章通谷蠡，声教薄鸡林。大宇看交泰，应知无古今。”这两首诗慷慨豪迈，大气磅礴，流传于世，因此被耶律洪基誉为女中才子。