崇祯十二年(1639)三月，清军回师。此役明军失陷城镇五十余处。由于刘佩的出现，比历史上少损失十余个城镇。崇祯皇帝命杨嗣昌议文武诸臣失事罪。
四月间，川、陕农民军相继为明军剿平后，崇祯皇帝诏左良玉赴河南。左良玉率领刚被授为副总兵的农民军降将闯塌天刘国能，在镇平关大败马进忠部。
马进忠崇祯不得不投降大明。活动在河南的另一支农民军射塌天李万庆，也连被左良玉败于唐县、内乡。李万庆在明的诱招下，也于四月投降朝廷，也被授职副总兵。这是本年度朝廷唯一的胜利！
五月初一日，杨嗣昌上奏结果五件事：“曰守边失机;曰残破城邑;早失陷藩封;曰失亡主帅;曰拥兵观望。”
于是蓟镇总监中官郑希诏，分监中官孙茂霖，顺天巡抚陈
祖苞，保定巡抚张其平，蓟镇总兵吴国俊、陈国威，山东巡抚倪宠，援剿总兵祖宽、李重镇，及他副将以下至州县有司，凡三十余人被处死。被贬削者为数更多！
但是本该一并被处死的山东巡抚颜继祖不仅没死，反而受到嘉奖！这让颜继祖在兔死狐悲之余还分外感激刘佩！于是同刘佩走的益发亲近起来！
还有就是在去年受抚于谷城的张献忠再次造反！张献忠在谷城表面上“跪拜有礼节”，实际上却暗中训练士卒，整治甲杖，不放兵、不应调、不入见制府，“骄不奉法”。
而且张献忠在谷城征粮、征税、扩兵，向文灿“要挟无厌”。谷城知县阮之钿猜测张献忠必反，秘密告知熊文灿。结果熊文灿不听。
结果五月初九日，张献忠在谷城重举义旗。农民军杀谷城知县阮之钿，火焚官署，挥军攻房县。
五月初九日，张献忠复起自谷城，罗汝才也率四营兵马起于房县。张献忠、罗汝才合兵攻克房县，杀县郝景春，又连下郧西、保康等地。惠登相、王国宁、常德安、杨友贤、王光恩五营于均州响应，农民军声势重新大振！
同年六月二十三日，拆听因辽东事务沉重，决丁抽练各镇精兵，复加征“练饷”。
杨嗣昌上奏：宣府、大同、山西、延绥、宁夏、甘肃、固原、临洮、辽东、蓟镇，及保定、畿辅、山东、河北各镇兵由各总镇、巡抚、总兵分练，东西策应，闻警即至。于是有练饷之征。
最初增加剿饷时，指望以一年而止。结果饷尽而乱未平！于是剿饷之后复增练饷七百三十万。合辽饷、剿饷、练饷共增赋一千六百七十万两！
借着增收练饷的机会，各级官吏上下其手！上面加一分，到了下面七八分都不止！再加上官府和水手们合谋，将田赋全部转嫁到自耕农身上，导致自耕农纷纷破产，使起义军队伍更加扩大了！