活泼阳光的药师乌鲁西，胆怯可爱的药师由香，还有银发男孩药师兜，三人是木叶孤儿院里的孤儿。
这个原本坐落在村子外围的孤儿院，属于一个名为药师野乃宇的温柔女性。
作为孤儿院的院长，这个温柔的女人收养了许多的孩子，给因为战争而成为孤儿的孩子们，找到了一个家。
与此同时，药师野乃宇不仅是孤儿院的院长，还有另一个身份则是隶属于志村团藏手下根部的秘密间谍。
她原本受到志村团藏的控制，无力掌控自身自由。只是由于三年前志村团藏趁乱失踪，根部最终还是几近消散并且落入猿飞日斩手中。一直受到要挟的药师野乃宇，也得到解放，从命运中解脱出来。
这个温柔善良的女人，曾经在漩涡玖辛奈分娩的那天，以医疗队长的身份得到了波风水门的注意。
且不说她当时出现在漩涡玖辛奈身旁是听谁命令抱着什么目的，但是总归，波风水门记住了她的样子和能力。
在波风达也的提醒下，清算根部的时候，波风水门做主放过了这个女人。验证身份和医术后，波风水门邀请她正式成为木叶医院的一员。三年时间，药师野乃宇以她精湛的医术，从一个普通医疗忍者晋升成了木叶医院的副院长。而原本受到她庇护，却一直被威胁的孤儿院，也终于重现阳光。
这个世界上，再没有了行走的巫女，也没有了小小年纪就要去当间谍的银发少年。
在波风水门的指引下，木叶迅速恢复和平茁壮成长。无数的平民少年得以通过各种方式成为忍者，努力找到自身的价值。哪怕说他们大部分人终生都难以升上中忍，但是至少……掌握了自己的命运。
就像眼前名为乌鲁西的少年一样，孤儿院小队的三人都没有上过学。但是在药师野乃宇的教导下，三人还是努力跟上其他下忍的步伐，并且以人均擅长医疗忍术的特色，成功得到波风水门的关注。
他们得到了一次机会！一次证明自己，证明平民也可以成为忍者，成为人上人的机会！
“我们绝对不会放弃！”药师乌鲁西握紧拳头，回头看向两个同伴：“兜！由香！不能让院长失望对吧？”